学院起源于1914年私立华西协合大学医科，是中国西部最早的，由美、英、加等国教会完全按西方高等教育模式建立的医学院，毕业生授华西协合大学医学博士和纽约州立大学医学博士学位。新中国成立后，学院先后更名华西大学医学院，四川医学院医疗系，华西医科大学第一临床医学院；2000年四川大学与华西医科大学合并，定名四川大学华西临床医学院/华西医院。
华西临床医学院与华西医院实行院院合一的管理模式。华西医院坚持疑难重症诊治的国家级区域中心的定位，持续加强学科建设。学院设有临床医学博士后流动站，是临床医学和中西医临床医学两个国家一级学科博士学位授权单位；现有博士学位授权点32个，硕士学位授权点覆盖所有学科及亚专业。有教育部高校重点学科9个，“211工程”重点学科2个，省级重点学科26个，新兴交叉学科2个。学院有科学院院士1人， “长江学者”5人，“中国教学名师”2人，国家杰出青年人才11人，博士导师165名，硕士导师325名，在职高级职称的师资558人；教学师资中，有博士学者近300人。
    学院大力进行教学改革实践，不断提高教学水平和质量。在进行医学生在校教育同时，大力拓展毕业后教育，利用其自身的资源优势，扩大资源辐射与服务范围，面向区域内各级医院医务人员开展继续医学教育，在更广泛的领域服务社会。2000年起，开始实施“社会化”身份的住院医师培训，成为有力推动“专科医师”制度在全国实施的先行者。学院整合了规范化培训、研究生教育、继续教育三大毕业后医学教育内涵，成立了毕业后教育部。建立华西远程医学教育中心，面向中西部地区百余所医院开通华西远程医学教育课程。从学院层面，统筹规范毕业后医学教育，探索将专科医师培训与专业学位研究生教育结合，将继续教育进修学习和远程教育相结合的体系。    
    经过九十余载的风雨洗练，历代华西人的辛勤耕耘，学院现已成为中国西部地区医学教育中心，在全国医学教育改革和与国际接轨方面走在了全国的前列。

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